综合科：协助办领导处理机关日常工作，协调机关政务工作。负责文电、会务、机要保密、档案、后勤等机关日常运转和办机关综合协调工作。负责文稿起草、公文核稿、内部监督、培训、宣传、财务、人事、纪检监察、退休人员管理工作。负责电子政务、域名注册工作。负责机关规范化建设工作。负责机构编制信息的上报、传递工作。 

    监督检查科：监督检查全盟机关、事业单位贯彻执行机构编制工作方针、政策和有关规定的情况，对违规问题提出处理意见；负责全盟机关、事业单位《机构编制管理证》的实施与管理工作；负责盟直机关、事业单位使用空编审核、审批工作；负责公务员和参照公务员法管理单位考录计划的审核、上报；协同有关部门拟定以编制为基础的盟直机关、事业单位年度进人计划；负责全盟实名制管理和新进人员列编注册工作；负责“12310”举报电话的受理及来信来访工作；负责全盟各级党委、政府及盟直各部门机构编制管理目标监控和考核工作。

     机关机构编制科：研究拟定全盟行政管理体制、各级机关机构改革和机构编制管理的办法、措施；研究拟定盟党政机构改革方案及实施意见，审核盟直各部门“三定”规定（方案）；负责盟直机关及政法部门所属事业单位的机构设置、职能配置、内设机构、人员编制和领导职数的审核与管理工作；研究拟定盟直以下各级机关机构改革实施意见，审核旗县市（区）党政机构改革方案；负责全盟各级各类行政编制、政法编制总额管理和分配；负责副科级以上行政机构设立、调整和领导职数的审核。

     事业机构编制科：研究拟定全盟事业单位机构改革和机构编制管理的办法、措施；研究拟订全盟事业单位管理和盟直各有关单位和盟直各部门所属事业单位的机构规格、内设机构、人员编制、人员结构（含领导职数）、经费来源以及旗县市（区）以下相当于副科级规格以上事业单位的设立和领导职数的审核与管理；负责全盟及各旗县市（区）事业编制总额管理，会同有关部门研究和拟定各类事业单位定编标准。

     事业单位登记管理科：贯彻执行《事业单位登记管理暂行条例》；研究拟定全盟事业单位登记管理的措施、办法并组织实施；负责盟本级事业单位的登记管理工作；检查指导全盟各级事业单位登记管理工作；依法保障事业单位有关登记事项的合法权益，发挥事业单位在经济建设中的作用。

     体制改革科：负责锡林郭勒盟行政审批制度改革工作领导小组办公室（简称“盟审改办”）的日常工作，统筹协调推进全盟行政审批制度改革工作；负责组织拟订全盟行政审批制度改革政策、规划和相关制度，并监督实施；负责定期清理规范盟本级政府部门行政许可、行政服务事项，并向社会公布；建立动态调整机制，对盟本级直属部门申请增加、取消、调整的行政许可事项进行审核；指导旗县市（区）行政审批制度改革业务工作；负责全盟行政审批制度改革的监督检查和综合考核评价工作；负责盟编办规范性文件合法性审查，并按程序上报有关部门审核公布；负责落实盟推进职能转变协调小组安排的有关工作及办机关安排的其他日常工作。